Κατά την περίοδο 284-305 μ.χ. και επί αυτοκράτορα Διοκλητιανού η Σαντορίνη όπως και τα άλλα νησιά των Κυκλάδων ήταν Ρωμαϊκή. Το Εμπορείο μάλιστα έχει και το σωζόμενο τεκμήριον αυτής της περιόδου, το κτηματολόγιον, το οποίο είναι κεχαραγμένον επί τωντετραγώνων μεγάλων λίθων του κυκλικού ηρώου, το οποίο βρίσκεται εντός της αυλής του ιερού ναού της Περίσσας και ακριβώς εις την νοτιοανατολική θέση όπισθεν του ιερού. Ήταν έθιμο την εποχή εκείνη να χαράσσονται επάνω στους λίθους τα κτηματολόγια των διαφόρων πόλεων και χωριών επί Διοκλητιανού, αλλά και πάλι το Εμπορείο είχε το προνόμιο αυτό. Το ιερό αυτό ανακαλύφθηκε κατα την ανακατασκευή του παλαιού ιερού ναού της Περίσσας το έτος 1835.
Κατά τον 4ο μ.χ. αιώνα πολλοί ειδωλολατρικοί ναοί μετατράπηκαν σε χριστιανικούς ναούς, αυτό πρέπει να συνέβη και με τον παλαιό ναό της Περίσσας, ο οποίος θάφτηκε κάτω από την λάβα του ηφαιστείου.
Άγ. Νικόλαος Μαρμαρίτης - Εμπορείο
Στο Εμπορείο υπάρχουν άλλοι δύο ναοί οι οποίοι
ήταν ειδωλολατρικοί κατά την προχριστιανική περίοδο και έγιναν χριστιανικοί: α) ο ναός του Αγίου Νικολάου του Μαρμαρίτη και η Μεταμόρφωσης του Σωτήρος (Χριστουλάκι) στο Μέσα Βουνό. Στην περιοχή του Εμπορείου κτίσθηκε η πρώτη εκκλησία επί των ημερών του Μεγάλου Κωνσταντίνου εις το όνομα του Αρχαγγέλου Μιχαήλ, άνωθεν της Σελάδας και ο οποίος σώζεται μέχρι σήμερα.Η μαρμάρινη όμως πλάκα της Ιεράς Τράπεζας βρίσκεται στο Βυζαντινό Μουσείο των Αθηνών.
Παραπλεύρως του Ι. Ναού του Αρχάγγελου Μιχαήλ υπάρχει το παρεκκλήσιον του Αγίου Γεωργίου όπως επίσης και τα δύο θολωτά παρεκκλήσια του Αγίου Στεφάνου.
Άγιος Στέφανος - Αρχαία Θήρα
Ο Μεγάλος αρχαιολόγος Χίλλερ του οποίου η σκαπάνη έφερε στο φως την αρχαία Θήρα αναφέρει σχετικά με επιστολή του στον Μητροπολίτη Δανιήλ (ότι στην θέση της εκκλησίας του Αγίου Στεφάνου του προ πυλαίου της αρχαίας πόλεως πρωτύτερα είχε οικοδομηθεί ιερός ναός του Αγίου και φοβερού Αρχαγγέλου Μιχαήλ. Δυστυχώς δεν μπορούμε να προσδιορίσουμε με ακρίβεια τον χρόνον οικοδομής και καταστροφής του. Ίσως μετά την απομάκρυνση των κατοίκων της αρχαίας Θήρας καταστράφηκε ή μετέπειτα από σεισμική δόνηση και δεν ανακαινίσθηκε ξανά. Ο αείμνηστος αρχιμανδρίτης Δανιήλ Δεναξάς αναφέρει ότι ο ναός του Αρχαγγέλου Μιχαήλ καταστράφηκε προς το τέλος του 11ου αιώνος.
Παναγία Επισκοπή
Κατά τα τέλη όμως του 11ου αιώνος κτίσθηκε ο μέχρι σήμερα σωζόμενος Βυζαντινός ναός Επισκοπής από τον Αυτοκράτορα Αλέξιο Α΄ του Κομνηνού, εις την Επισκοπή Γωνιάς, ο οποίος έχει ρυθμόν σταυροειδούς Βυζαντινού ναού μετά τρούλου και νάρθηκος. Τα περισσότερα μάρμαρα μεταφέρθηκαν από τα ερείπια της αρχαίας πόλης Θήρας και από παλαιότερους χριστιανικούς ναούς. Μεγάλοι και μικροί κίονες με τις βάσεις τους και τα κιονόκρανα , Δωρικού Ιωνικού, Πωμαϊκού και Βυζαντινού ρυθμού. Η αγιογράφηση έγινε με δαπάνη του Αλεξίου Α΄ η οποία όμως μετά την καταστροφή του σοβά καταστράφηκε και σώζονται μόνο μερικές.
Βιβλιογραφία: Λαογραφικά της Σαντορίνης του Μάρκου Ρούσσου
